來了！復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院團隊手把手教您藥物設(shè)計
2025年7月23-26日，陶術(shù)特邀?復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院人工智能藥物設(shè)計團隊?授課的第四期藥物設(shè)計培訓(xùn)班將在上海麗昂豪生大酒店正式開班！
培訓(xùn)班師資隊伍內(nèi)容強大，三位老師均為藥物分子設(shè)計領(lǐng)域的資深研究者，理論基礎(chǔ)深厚且教學(xué)經(jīng)驗豐富。他( 她)們將帶領(lǐng)學(xué)員系統(tǒng)地、全面的學(xué)習(xí)分子對接、虛擬篩選、大分子相互作用的基礎(chǔ)理論和案例實操，提升對CADD方法的理解和實踐能力，助您躋身于研發(fā)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)前沿。
我們誠摯地邀請大家報名參與，學(xué)會CADD，發(fā)文更容易！報名信息詳見文末!
第一天（2025.7.23）
CADD/AIDD藥物設(shè)計概論
一、 計算機輔助藥物設(shè)計的發(fā)源和基本概念
藥物研發(fā)的歷史演化
當(dāng)代藥物研發(fā)的典型流程
計算機輔助藥物設(shè)計的常規(guī)裝備
計算機輔助藥物設(shè)計概念
計算機輔助藥物設(shè)計能發(fā)揮的作用
計算機輔助藥物設(shè)計的成功實例
CADD技術(shù)對新藥研發(fā)產(chǎn)生的影響
二、計算機輔助藥物設(shè)計中常用的計算方法
分子模擬介紹
分子模擬應(yīng)用場景
量子力學(xué)介紹
分子力學(xué)介紹
分子力學(xué)和量子力學(xué)的應(yīng)用
化學(xué)信息學(xué)介紹
基于靶標(biāo)結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計方法
分子對接介紹
分子對接應(yīng)用場景
虛擬篩選
配體分子的從頭設(shè)計
基于配體分子的藥物設(shè)計方法
基于配體分子的方法：2D-QSAR
基于配體分子的方法：3D-QSAR
基于配體的方法：藥效團模型
計算機輔助藥物設(shè)計的應(yīng)用
ADMET
三、人工智能驅(qū)動的藥物設(shè)計
AIDD發(fā)展歷史
AIDD的應(yīng)用
AIDD的案例
分子結(jié)構(gòu)顯示和處理方法
一、蛋白結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備
RCSB PDB數(shù)據(jù)庫介紹
UniProt數(shù)據(jù)庫介紹
AlphaFold數(shù)據(jù)庫介紹
用于存儲有機分子結(jié)構(gòu)的常見文件格式
常見文件格式解讀
二、小分子結(jié)構(gòu)的構(gòu)建與優(yōu)化
PubChem、ChEMBLE數(shù)據(jù)庫介紹
分子指紋定義
分子指紋類型
不同分子指紋算法的特點總結(jié)
分子指紋的應(yīng)用
數(shù)據(jù)庫應(yīng)用場景
PyMol介紹
三、實例講解與練習(xí)
案例a
案例b
第二天（2025.7.24）
分子對接基本流程和技巧
一、分子對接基本流程
分子對接歷史
分子對接原理
分子對接方法分類
代表性分子對接軟件及部分軟件介紹
考慮水分子的對接
共價分子對接
分子對接受體模型的建立
分子對接配體化合物庫的準(zhǔn)備
受體結(jié)合位點的確定
構(gòu)象搜索與能量評價
分子對接方法性能的比較
打分函數(shù)評價體系CASF
二、AutoDock Vina軟件執(zhí)行分子對接
AutoDock Vina介紹
與AutoDock4的性能對比
AutoDock Vina安裝
其他插件
三、分子對接結(jié)果的可視化分析
對接結(jié)果分析
對接結(jié)果展示
四、實例講解與練習(xí)
案例a
案例b
虛擬篩選的基本流程和技巧
一、虛擬篩選基本流程
藥物發(fā)現(xiàn)與藥物篩選流程
高通量篩選 VS 虛擬篩選
虛擬篩選基本要素
虛擬篩選與分子對接區(qū)別
基于受體的虛擬篩選方法：分子對接
案例介紹
基于受體的虛擬篩選方法：多構(gòu)象策略
基于受體的虛擬篩選方法：分子作用指紋
基于受體的虛擬篩選方法：藥效團模型
基于配體的虛擬篩選方法：結(jié)構(gòu)相似性搜索
基于三維形狀相似性的虛擬篩選方法ROCS
基于形狀匹配和分子對接的虛擬篩選工具比較
基于配體的虛擬篩選方法：2D-QSAR
3D-QSAR：比較分子場分析
基于配體的虛擬篩選方法：藥效團模型
基于配體與受體聯(lián)合的虛擬篩選方法
基于人工智能的虛擬篩選
虛擬篩選一般流程
虛篩前的準(zhǔn)備工作
分子對接方法性能的比較
打分函數(shù)評價體系CASF
虛擬篩選模型的驗證
人工檢查
二、使用AutoDock Vina軟件執(zhí)行虛擬篩選
AutoDock Vina虛擬篩選需要的文件準(zhǔn)備
AutoDock Vina虛擬篩選運行
三、虛篩的結(jié)果分析和技巧
虛擬篩選結(jié)果挑選
虛擬篩選結(jié)果保存
四、實例講解與練習(xí)
案例a
案例b
第三天（2025.7.25）
分子動力學(xué)模擬基礎(chǔ)
一、分子動力學(xué)模擬原理
分子動力學(xué)模擬定義
分子動力學(xué)模擬歷史
分子動力學(xué)模擬原理
二、分子動力學(xué)模擬的一般流程
分子動力學(xué)模擬流程簡介
力場的介紹
軌跡的介紹
力場和軌跡演化：鍵的拉伸
力場和軌跡演化：鍵角
力場和軌跡演化：二面角
力場和軌跡演化：Improper Dihedral
力場和軌跡演化：非鍵相互作用
力場和軌跡演化：靜電相互作用
力場和軌跡演化：其他形式的力場
力場和軌跡演化：能量極小化
力場和軌跡演化：初始速度
力場和軌跡演化：積分算法
力場和軌跡演化：周期性邊界
力場和軌跡演化：非鍵作用計算
力場和軌跡演化：溫度和壓強控制
力場和軌跡演化：整體流程
三、分子動力學(xué)模擬體系搭建
分子動力學(xué)模擬體系介紹
分子動力學(xué)模擬搭建體系搭建體系流程
分子動力學(xué)模擬搭建體系常見報錯及解決方案
分子動力學(xué)模擬搭建體系檢查
四、實例講解與練習(xí)
案例a
案例b
分子動力學(xué)模擬進階
一、分子動力學(xué)模擬增強采樣方法
溶劑模型介紹
增強采樣
增強采樣：TMD
增強采樣: SMD
增強采樣: 傘抽樣
增強采樣: Metadynamics
增強采樣: T-REMD
增強采樣: Hamiltonian-REMD
增強采樣: REST
增強采樣: REST2
二、配體結(jié)合自由能計算：MM-GB/SA方法
配體結(jié)合自由能定義
配體結(jié)合自由能常見方法
MM-GB/SA介紹及使用
軌跡分析:Time correlation function
軌跡分析: principal component analysis
軌跡分析: source of error in MD
模擬硬件和軟件
參考資料
三、實例講解與練習(xí)
案例a
案例b
第四天（2025.7.26）
大分子藥物設(shè)計
一、 蛋白-蛋白和蛋白-核酸分子對接
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)
蛋白-蛋白對接常見的軟件
蛋白-蛋白對接結(jié)果分析
核酸結(jié)構(gòu)
蛋白-核酸對接常見的軟件
蛋白-核酸對接結(jié)果分析
二、人工智能蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法進展
AlphaFold和RosettaFold介紹
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)設(shè)計方法介紹
ProteinMPNN和RFDiffusion等方法介紹
三、實例講解與練習(xí)
案例a
案例b
藥物發(fā)現(xiàn)之旅
一、 化合物庫的選擇
Topscience database介紹
不同化合物的區(qū)別
建議的化合物庫選擇方式
硬件的選擇
二、化合物的選擇
化合物參數(shù)介紹
化合物參數(shù)的選擇
三、ADMET
ADMET基本概念
ADMET預(yù)測原理
ADMET預(yù)測工具實戰(zhàn)
培訓(xùn)老師介紹
往期評價
陶術(shù)藥物設(shè)計培訓(xùn)課程目前已成功開展三期，教學(xué)內(nèi)容受到了眾多學(xué)員的高度贊賞，并且在課程結(jié)束后我們也會持續(xù)的為學(xué)員們解答相關(guān)疑問 。
報名及聯(lián)系
費用：
4280元/人（含四日酒店午餐）
7480元/人（含四日酒店住宿（單人間）及早、中、晚餐）
6.20日前報名可享早鳥價立減800~
活動安排可能調(diào)整，敬請關(guān)注最新通知 。
