巖藻多糖分子質(zhì)量大、溶解性差,不容易被吸收,嚴(yán)重限制了其應(yīng)用,但經(jīng)過部分水解轉(zhuǎn)化成低分子質(zhì)量巖藻多糖（LMWF）后,溶液的黏度會(huì)降低,溶解性增加,生理功能變得多樣。常用于巖藻多糖降解的方法包括化學(xué)法和酶法?；瘜W(xué)降解法是指將巖藻多糖配制成水溶液,加入硫酸、三氟乙酸、鹽酸等氧化劑后加熱降解得到低分子質(zhì)量巖藻多糖,Azofeifa等將巖藻多糖浸于60℃下,2mol/L的硫酸中水解24h,得到平均分子質(zhì)量大約10000的巖藻多糖；吳永沛等用0.2mol/L的HCl配制2%的巖藻多糖溶液,于80℃的水浴鍋加熱,制備不同酸解時(shí)間的低分子質(zhì)量巖藻多糖。酶法降解巖藻多糖常使用巖藻多糖酶催化水解高分子質(zhì)量巖藻多糖得到LMWF,巖藻多糖酶可以從以小型褐藻為食物的貝類肝胰臟中提取,也可以從海洋微生物中獲得,Bakunina等從和褐藻中分離得到KMM3296和KMM3298菌株,由它們發(fā)酵產(chǎn)生的酶在pH值6.5～7.0時(shí)能有效的降解巖藻多糖,并且在40～50℃時(shí)還能保持較高的活力；蔡敬民等利用海洋真菌Dendryphiel-laarenariaTM94巖藻多糖酶水解海帶巖藻多糖,獲得了分子質(zhì)量為8000～50000uLMWF。