信號肽位于分泌蛋白的N端。一般由15～30個氨基酸組成。包括三個區(qū)：一個帶正電的N末端，稱為堿性氨基末端；一個中間疏水序列。以中性氨基酸為主，能夠形成一段α螺旋結(jié)構(gòu)，它是信號肽的主要功能區(qū)；一個較長的帶負(fù)電荷的C末端，含小分子氨基酸，是信號序列切割位點，也稱加工區(qū)。當(dāng)信號肽序列合成后，被信號識別顆粒(SRP)所識別，蛋白質(zhì)合成暫停或減緩，信號識別顆粒將核糖體攜帶至內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上，蛋白質(zhì)合成重新開始。在信號肽的引導(dǎo)下，新合成的蛋白質(zhì)進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔。而信號肽序列則在信號肽酶的作用下被切除。如終止轉(zhuǎn)運序列存在于新生肽鏈的C端。也可以不被信號肽酶切除。如卵清蛋白含有內(nèi)部信號肽。它的前體與成熟形式都沒有被信號肽酶切除的過程。其N一端氨基酸結(jié)構(gòu)在第9位有帶電基團(tuán)，疏水結(jié)構(gòu)并不明顯。