西湖大學(xué)又一篇Science，這次是李小波團隊
北京時間 2023 年 10 月 6 日，西湖大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院李小波團隊在 Science 發(fā)表題為“A chlorophyll c synthase widely co-opted by phytoplankton”的文章，首次揭示了葉綠素 c 合成酶編碼基因及該酶作用機制，挖掘了葉綠素 c 的生理功能，討論了該基因的演化形成與轉(zhuǎn)移。
西湖大學(xué)博士生蔣彥酉與助理研究員曹天駿為本文的共同第一作者；副研究員張歡、博士生楊雨青、博士生張靜宇參與了本項研究；特聘研究員李小波為本文通訊作者。
葉綠素 c 于 1864 年由愛爾蘭物理學(xué)家喬治·斯托克斯首次報道，其合成酶的發(fā)現(xiàn)解決了長期以來困擾海洋光合作用領(lǐng)域的一個問題，并為海洋藻類捕光機制的合成生物學(xué)應(yīng)用打開了一扇門。
從藻類中提取的各類色素
傳奇：從硅藻到葉綠素 c
蘇軾在《前赤壁賦》中寫道：“寄蜉蝣于天地，渺滄海之一粟?！比绻隳贸鲆坏魏Ｋ旁陲@微鏡中，你會看到一個生機勃勃的微觀世界。硅藻，就是仿佛如此微不足道，卻在海洋光合作用中起主導(dǎo)地位的生存強者。
硅藻作為單細胞真核生物，一般只有 2 微米到 200 微米，只有少數(shù)門類可以達到毫米級，所以在 18 世紀(jì)之前，人們甚至都不知道它們的存在。但硅藻的演化之路絕對是史詩級的——二次內(nèi)共生。
目前主流理論認(rèn)為，一個異養(yǎng)生命通過吞噬藍細菌獲得了光合作用的能力，演化出了綠藻與紅藻，藍細菌演化成了葉綠體，這是人們常知的第一次內(nèi)共生。而硅藻的祖先，是不折不扣兇悍的掠食者，它們吞噬了已經(jīng)具備細胞核與葉綠體的紅藻，并獲取了特定的紅藻基因，這也被稱為第二次內(nèi)共生。
硅藻絕對是演化史中的“卷王”，也許是為了防御，硅藻還演化出了厚實的“裝甲”——它們學(xué)會了利用二氧化硅，沒錯，你可以理解成它們給自己裝上了頗為現(xiàn)代化的玻璃外殼。很多硅藻可以在有性生殖和無性生殖之間切換：平時進行無性生殖，然而由于其奇特的增殖方式，子代細胞會越來越小；在細胞小于一定閾值時這些硅藻則啟動有性生殖。硅藻的祖先中有一支又另辟蹊徑，演化出了多細胞的藻類，演化出巨大體型的褐藻，比如我們?nèi)粘Ｊ秤玫暮А?br>
正因為如此，李小波此前主要在國外從事萊茵衣藻光合作用的研究，但加入西湖大學(xué)之后逐漸認(rèn)識到硅藻的獨特性，決定將硅藻光合作用作為實驗室一個重要的研究方向。李小波團隊將目光投射到硅藻的捕光機制上，含有葉綠素 c 的捕光復(fù)合體的吸收光譜不同于陸地植物的捕光復(fù)合體，可以更高效地吸收水域中豐富的藍綠光，這可能是各種真核藻類廣泛采用葉綠素 c 的原因。
光合作用極其復(fù)雜，人類目前還不能完全解密，就葉綠素的種類與合成研究來說，也是走過了一段漫長的彎路。目前認(rèn)為產(chǎn)氧光合生物主要含有五種類型的葉綠素：葉綠素 a, b, c, d, f，其結(jié)構(gòu)與合成路徑各有不同。
與其他天然產(chǎn)物一樣，葉綠素生物合成的每一步驟依賴于酶的催化，而每個酶有一個或多個基因編碼。每種葉綠素生物合成通路的解析將使得該葉綠素在其他物種中的應(yīng)用成為可能。
李小波團隊開始了尋找葉綠素 c 合成酶的道路。
含葉綠素 c 藻類的多樣性與生態(tài)功能示意圖。作者：李小波實驗室博士生楊雨青。
挑戰(zhàn)：鎖定基因
得益于世紀(jì)之交分子遺傳學(xué)工具的大發(fā)展，各種葉綠素生物合成的共有步驟或特異步驟所需基因已被發(fā)現(xiàn)。例如，藍細菌葉綠素 f 于 2010 年被報道，其合成酶編碼基因于 2016 年即已被解析。而葉綠素 c 發(fā)現(xiàn)于 159 年前，它的合成酶編碼基因則長期以來未被突破。
為什么葉綠素 c 合成機制的研究這么難？
在真核藻類中，綠藻中的萊茵衣藻遺傳學(xué)研究較多，然而綠藻不含有葉綠素 c。硅藻、褐藻、定鞭藻、甲藻等含葉綠素 c 的門類在海洋固碳、海洋動物生存及棲息地的建立、海洋沉積物以及赤潮的形成等重要生態(tài)過程中扮演著不可或缺的角色，其中的海帶（褐藻）還是人類喜愛的食物來源。然而這些藻類的遺傳操作工具卻相對落后。
硅藻類群中的模式物種三角褐指藻早在 2008 年就已完成基因組測序，但是由于硅藻細胞一般為二倍體，即每個細胞具有兩套基因組，傳統(tǒng)遺傳學(xué)手段很難同時破壞基因的兩個拷貝以測試其功能。但好消息是，近年來 CRISPR 基因編輯方法（2020 年諾貝爾化學(xué)獎獲獎成果）的進步使得一個基因的兩個拷貝同時被破壞成為可能。
為了找到編碼葉綠素 c 合成酶的基因，李小波團隊從三角褐指藻基因組中根據(jù)各基因在不同生長條件下的表達水平差異，選取了數(shù)十個候選基因，依次進行敲除與表型檢測。
其中一個候選基因的敲除突變體呈現(xiàn)出綠色表型，與野生型硅藻細胞的褐色外觀形成鮮明對比。色素分析顯示，該基因的突變體完全丟失了葉綠素 c，同時，突變體中巖藻黃素（與葉綠素 c 處于同一色素-蛋白復(fù)合體的黃色色素）的含量顯著降低，因此突變體呈現(xiàn)出比野生型更綠的顏色。在低光照條件下，該突變體表現(xiàn)出明顯的生長劣勢。
葉綠素 c 合成酶突變體的發(fā)現(xiàn)。褐色為野生型，綠色斑點為缺失葉綠素 c 的突變體。
體外實驗證實該基因編碼的酶能夠利用葉綠素生物合成途徑中的常見前體直接合成葉綠素 c，因此被命名為葉綠素 c 合成酶（Chl c synthase），簡稱 CHLC。該酶與其他葉綠素合成通路組分的底物特異性可以解釋葉綠素 c 結(jié)構(gòu)的獨特之處。
葉綠素 c 合成反應(yīng)示意圖。CHLC 蛋白利用一系列輔因子在底物（DVP）側(cè)鏈上形成碳碳雙鍵。
尾聲：這意味著什么？
“這是一篇非常有趣的文章，首次記錄了一種對當(dāng)代水生生物光合作用至關(guān)重要的酶的活性和物種分布。文章所描述的葉綠素 c 合成酶的基因突變、突變體回補和生化活性研究令人信服?！睂徃迦藢钚〔▓F隊的成果評價道。
圖片葉綠素 c 合成酶編碼基因同源基因的海洋分布示意圖。Tara Oceans 各采樣站點均可發(fā)現(xiàn)同源基因。
結(jié)合 Tara Oceans 全球海洋生物調(diào)查數(shù)據(jù)，研究團隊發(fā)現(xiàn) CHLC 同源基因廣泛分布于全球海洋。在系統(tǒng)演化分析中，團隊發(fā)現(xiàn)不含葉綠素 c 的生物（包括紅藻）缺乏 CHLC 同源基因；而含有葉綠素 c 的定鞭藻、甲藻和隱藻均具有該基因。然而，與硅藻親緣關(guān)系更近、同樣含有葉綠素 c 的褐藻卻缺乏該基因，這表明褐藻可能采用未知的、獨立演化出的酶來合成葉綠素 c。這一結(jié)果也表明現(xiàn)在的光合作用機制演化學(xué)說還有待修正。
下一步，李小波團隊將致力于解析硅藻含葉綠素 c 的捕光色素-蛋白復(fù)合體生物合成所需的全部基因，并將試圖在其他光合生物中重構(gòu)該復(fù)合體，以拓寬該底盤生物的捕光光譜。此外，在光合生物中，海洋藻類的分子遺傳學(xué)研究遠滯后于陸地植物，然而它們卻具有多種獨特的生物過程，如無機細胞壁納米斑圖的形成。因此，李小波團隊一直為尋找海洋藻類宏觀和微觀現(xiàn)象的分子生物學(xué)解釋而努力。
西湖大學(xué)博士生蔣彥酉與助理研究員曹天駿為本文的共同第一作者；副研究員張歡、博士生楊雨青、博士生張靜宇參與了本項研究；特聘研究員李小波為本文通訊作者。項目的進行得到了西湖大學(xué)張驪駻研究員、西湖大學(xué)甄瑩研究員、中科院植物所王文達研究員、南京大學(xué)趙雪博士等的建議，并得到了西湖大學(xué)分子科學(xué)公共實驗平臺、西湖大學(xué)生物醫(yī)學(xué)實驗技術(shù)中心等的技術(shù)支持。西湖大學(xué)博士生尤婷婷、博士生毛卓、博士生劉潤洲、科研助理郭康寧、科研助理楊津在實驗過程或論文寫作過程中提供了幫助。項目資助來自于科技部重點研發(fā)項目、浙江省杰青基金、浙江省重點研發(fā)項目、國家自然科學(xué)基金委與西湖教育基金會。
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