重磅！布魯克宣布收購(gòu)IP2蛋白質(zhì)組學(xué)軟件
2020年9月30日，布魯克對(duì)外宣布最近收購(gòu)了IP2（Integrated Proteomics Pipeline）搜索引擎和蛋白質(zhì)組學(xué)工作流程軟件平臺(tái)。IP2搜索引擎由美國(guó)Scripps研究所John Yates III教授與Robin Park、Tao Xu博士共同創(chuàng)立Integrated Proteomics Applications Inc公司開發(fā)，交易的財(cái)務(wù)細(xì)節(jié)暫未下透露。
產(chǎn)品亮點(diǎn)
基于GPU計(jì)算的IP2 （Integrated Proteomics Pipeline）為4D-蛋白質(zhì)組學(xué)提速
IP2專為timsTOF?蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái)打造”Run&Done”實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索功能
IP2為基于GPU計(jì)算的蛋白質(zhì)組學(xué)搜索引擎，通過此次收購(gòu)，進(jìn)一步增強(qiáng)了布魯克支持CCS識(shí)別的4D-Proteomics?工作流程，基于GPU計(jì)算可大幅提高數(shù)據(jù)處理速度，更充分的利用分子CCS（碰撞截面積）信息，這能在多個(gè)方面為“shot-gun”蛋白質(zhì)組學(xué)流程帶來(lái)提升，比如可以為定量蛋白質(zhì)組學(xué)帶來(lái)更好的數(shù)據(jù)完整性，提高蛋白質(zhì)和PTM鑒定和定量的可靠性。布魯克的新型timsTOF質(zhì)譜系統(tǒng)在PASEF模式下有超過 120 Hz掃描速度和近100%的離子利用率，特別適合使用GPU在多線程并行操作中進(jìn)行實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索。
基于GPU計(jì)算的IP2將數(shù)據(jù)處理速度提升百倍
布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜執(zhí)行副總裁Rohan A. Thakur博士說：“與IP2團(tuán)隊(duì)和John Yates實(shí)驗(yàn)室合作是增強(qiáng)布魯克生物信息學(xué)和4D-蛋白質(zhì)組學(xué)功能的絕佳機(jī)會(huì)。高通量蛋白質(zhì)組學(xué)要求搜索引擎具有前所未有的性能，其中包括降低大數(shù)據(jù)的錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率，這將造福蛋白質(zhì)組學(xué)研究和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究社區(qū)。我們也很高興地宣布，在加利福尼亞州圣迭戈成立了以蛋白質(zhì)和數(shù)據(jù)科學(xué)為重點(diǎn)的布魯克生物信息學(xué)團(tuán)隊(duì)，該團(tuán)隊(duì)由Robin Park領(lǐng)導(dǎo)。Robin將繼續(xù)與John Yates實(shí)驗(yàn)室密切合作，與布魯克開放蛋白質(zhì)組學(xué)軟件的合作伙伴共同開發(fā)新功能?！?/p>
“我們非常高興與布魯克合作，共同建立支持CCS的生物信息學(xué)平臺(tái)”John Yates教授補(bǔ)充道?！斑€有些生物學(xué)問題質(zhì)譜還不能回答，創(chuàng)新的軟件工具是解決這些問題的必要條件。timsTOF Pro的離子淌度功能和穩(wěn)定性為Bottom-Up蛋白質(zhì)組學(xué)帶來(lái)獨(dú)特的能力，可用于更多未知疾病研究。例如，我們當(dāng)前的研究重點(diǎn)是加深我們對(duì)與腦部疾病有關(guān)蛋白質(zhì)的了解，包括阿爾茨海默氏?。ˋD）和自閉癥譜系障礙（ASD）等?！?/p>
布魯克蛋白質(zhì)組學(xué)副總裁Gary Kruppa博士說：“ timsTOF迎來(lái)了快速納升LC（nano-LC）時(shí)代，每個(gè)儀器、每天可分析超過50個(gè)4D-Proteomics?樣品，但現(xiàn)在的瓶頸是數(shù)據(jù)分析。通過獨(dú)特的IP2搜索引擎，人們能夠在大數(shù)據(jù)中對(duì)海量數(shù)據(jù)進(jìn)行搜索，使用'Run＆Done'實(shí)時(shí)功能，在獲取大數(shù)據(jù)集后立即提供蛋白質(zhì)組的結(jié)果。此外，借助IP2，我們希望能夠建立一種新的模式，將timsTOF采集、搜索結(jié)果作為實(shí)時(shí)反饋信息，迅速獲得目標(biāo)蛋白質(zhì)完整的定量結(jié)果。最后，IP2為我們的其他蛋白質(zhì)組學(xué)軟件合作伙伴提供了一個(gè)接口，縮短他們的獲取檢測(cè)結(jié)果的時(shí)間?！?/p>
