隨著單堿基精度和讀取長(zhǎng)度的提高,利用批量樣本的單分子長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)已廣泛應(yīng)用于基因組組裝。通常,長(zhǎng)讀測(cè)序組裝需要大量的DNA(通常來自數(shù)百萬個(gè)細(xì)胞的幾微克),因此大多數(shù)人類基因組組裝被限制在批量基因組測(cè)序數(shù)據(jù)集,而沒有保持單個(gè)細(xì)胞之間潛在的遺傳異質(zhì)性。然而,這在許多情況下是不切實(shí)際的。相比之下,單細(xì)胞...
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近日,中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶作物品種資源研究所研究員王鵬聯(lián)合上海應(yīng)用技術(shù)大學(xué)博士王飛,提出了評(píng)價(jià)基因組組裝連續(xù)性的CC?ratio(contig/染色體對(duì)數(shù)比例)指標(biāo),建立了基因組組裝質(zhì)量評(píng)價(jià)的建議指標(biāo)體系。該體系覆蓋連續(xù)性、完整性、準(zhǔn)確性、雜合性、細(xì)胞器基因組等五個(gè)方面、共十四項(xiàng)指標(biāo),解決了基因組...
基因組組裝受益于具有更高準(zhǔn)確性和更高連續(xù)性的長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)。然而,大多數(shù)人類基因組組裝需要來自同質(zhì)細(xì)胞系的大量 DNA,而不會(huì)保持細(xì)胞異質(zhì)性,因?yàn)榧?xì)胞異質(zhì)性會(huì)嚴(yán)重影響單倍型組裝結(jié)果?! ?022年7月12日,北京大學(xué)湯富酬團(tuán)隊(duì)在Nucleic Acids Research (IF=19)在線發(fā)表...
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