如何對(duì)qPCR數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析
如果避免了預(yù)擴(kuò)增，數(shù)據(jù)可轉(zhuǎn)換成絕對(duì)的cDNA數(shù)量，否則數(shù)據(jù)分析可以Cq值來(lái)開展，因?yàn)槊總€(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本水平呈對(duì)數(shù)正態(tài)分布。一開始，可以各種方法對(duì)數(shù)據(jù)作圖，此外，基本的統(tǒng)計(jì)分析也應(yīng)開展（如陽(yáng)性細(xì)胞的數(shù)量、平均值和偏差）。細(xì)胞數(shù)量測(cè)定通常是以驗(yàn)證過(guò)的參考基因來(lái)均一化的。這種策略在單細(xì)胞分析中應(yīng)避免，因?yàn)閱蝹€(gè)細(xì)胞中的所有轉(zhuǎn)錄本水平隨時(shí)間變化。我們發(fā)現(xiàn)，校正分析和無(wú)監(jiān)督算法（如Kohonen self-organizing maps）對(duì)定義亞群和基因網(wǎng)絡(luò)很有用。Finn-Arne Weltzien（挪威獸醫(yī)學(xué)院） 我們?cè)诶脝渭?xì)胞qPCR進(jìn)行定量測(cè)定時(shí)很小心。我們通常只進(jìn)行定性分析。如果我們定量，我們會(huì)利用目的基因的拷貝數(shù)相對(duì)參考基因的拷貝數(shù)。Weiwen Zhang（亞利桑那州立大學(xué)，現(xiàn)在天津大學(xué)） 對(duì)于每個(gè)單細(xì)胞，我們對(duì)目的基因和參考基因進(jìn)行qPCR分析，如原核生物的16s rRNA和真核生物的28s或actin。不過(guò)，我們也注意到，這些常用參考基因的表達(dá)水平在單細(xì)胞中也差別很大，對(duì)大量細(xì)胞qPCR的標(biāo)準(zhǔn)定量法則也須特別謹(jǐn)慎。在大部分情況下，我們報(bào)告原始和均一化的Ct值，并使用它們進(jìn)行單細(xì)胞qPCR結(jié)果的定量。Q6：您分析時(shí)使用哪些生物信息學(xué)工具？Mikael Kubista（TATAA生物中心）
